De zeepaling is een zoutwatervis. In brak water is de soort nog nooit aangetroffen. In Nederland wordt ze slechts incidenteel gevangen. De vis prefereert een gematigd klimaat en leeft hoofdzakelijk in de kustzone van de Atlantische Oceaan. Bovendien komt de zeepaling voor in de Middellandse Zee. De diepteverspreiding is van 0 tot 500 m onder het wateroppervlak. Net als de murene zoekt de kongeraal een plek in koraal of gesteente om zich de rest van zijn leven daar te nestelen. Vanuit deze plek jaagt de kongeraal op garnaaltjes en vissen.